Laddove si fermò Final Fantasy X...

Sono ormai passati due anni da quando un evocatrice e sei guardiano sconfissero definitivamente Sin, una malvagia creatura che seminava scompiglio su Spira...

Da quel giorno, i vari personaggi che componevano il gruppo si sono divisi... Kimahri è tornato sul Monte Gagazet, dove ora è il capo dei Ronso; Wakka e Lulu si sono sposati, e vivono ancora a Besaid, dove diventeranno presto genitori; Auron è un non-morto, ed è stato trapassato da Yuna. Quanto a Tidus, beh, non si sà ancora nulla.
Finchè un giorno...

Una volta sconfitto Sin, e quindi scomparsi gli Eoni, Yuna è diventata, assieme a Rikku, una cacciasfere, una componente dei Gabbiani, gruppo che viaggia per Spira alla ricerca di particolari sfere. A loro si è aggiunta un'altra persona, Paine, misteriosa e riservata.

Un giorno Yuna trovò una sfera. E in questa... No, non può essere. O forse sì... è proprio lui. Ma è davvero lui? Dove si trova? Che cosa stà facendo?

"Ed ecco che parte quindi il viaggio di Yuna, Rikku e Paine alla ricerca delle sfere, con la speranza che, in alcune di esse, ci siano degli indizi che possano ricongiungere Yuna con il suo amato.