Lo studio dei processi alchemici fè il vero protagonista in questa in questa splendida serie animata. L'alchimia viene considerata come uno "scambio" atto a modificare radicalmente la materia. Un "do ut des" che ha come sappiamo conseguenze nefaste ma che consente di mantenere un equilibrio cosmico. Si può dunque arrivare a teorizzare qualunque scambio pur ricordando due limiti, l'impossibilità di creare l'oro (la famosa "Grande Opera") e di modificare essere umani (per i quali la controparte sarebbe troppo elevata).

L'iter per effettuare la trasmutazione è basato su tre distinti momenti: una fase di distruzione, una di trasformazione della materia e quindi l'ultima di ricostruzione.

 

Per effettuare questi processi è necessaria una componente arcana: un cerchio magico utile a intrappolare l'energia necessaria per l'esperimento. Questi simboli possono essere disegnati a terra oppure su oggetti e monili utili per un utilizzo immediato. Edward per esempio usa il suo stesso corpo come "cerchio" unendo le proprie mani in una mistica posizione guadagnando tempo utile rispetto ai suoi avversari. Solo chi ha visto "la verità" attraverso "il cancello" può avere questa dote, ovvero quando si riesce a superare il tabù della tramutazione umana. Questa capacità di Edward lo farà entrate negli "State Alchemist, un elite di usufruitori dell'esercito.

 

Durante gli esperimenti alchemici avvengono manifestazioni di energia cromatica: un'area gialla contraddistingue un normale esperimento alchemico; una viola si sprigiona quando si utilizza un Cerchio; la luce blu contraddistingue invece i processi più raffinati in cui la trasformazione avviene solo con i movimenti del corpo