E' un periodo difficile per la Repubblica, alcuni sistemi si stanno staccando stanchi di sopportare le rigide regole diplomatiche e il continuo intervento dei Cavalieri Jedi nei loro affari. Questi separatisti sono guidati dal misterioso conte Dooku, il maestro Jedi di Qui Gon, che ha deciso di abbandonare l'uso della Forza per dedicarsi alle questioni politiche. Per paura di un'invasione il senato della repubblica cerca di approvare la nascita di un potente esercito per dare aiuto ai Jedi in battaglia. Ma i senatori Bail Organa e Padme Naberrie (ex regina di Naboo) cercano di opporsi per non scatenare una guerra civile. La stessa Padme, sempre accompagnata dal fido R2D2, decide di recarsi a Coruscant per votare contro questa delibera ma viene attaccata da un misterioso assalitore.
Intanto Obi-Wan scopre che su Geoinosis, la federazione dei Mercanti ed i separatisti stanno costruendo un enorme esercito di droidi per portare un attacco alla repubblica, manda un messaggio ad Anakin e al consiglio Jedi per avvertigli del problema e per chiedere soccorsi, ma proprio prima che riesca a fuggire viene catturato dal Conte Dooku,. Il vecchio Jedi gli propone a Obi-Wan di unirsi a lui per scongiurare il pericolo che il signore dei Sith, Darth Sidious, prenda il controllo sul senato, il giovane jedi non accetta credendo che Dooku stesse mentendo.
Su Coruscant, la capitale, si decide quindi che è opportuno utilizzare l'esercito dei Cloni creato su Camino per difendersi dall'aggressione dei separatisti e vengono dati al cancelliere Palpatine pieni poteri speciali.
Intanto, Anakin su Naboo è come impazzito per la morte della madre, ma quando riceve il messaggio del maestro corre in suo aiuto su Geonosis. Padme e Anakin però non hanno più fortuna di Obi-Wan e vengono anch'essi catturati. Tutto questo mente i droidi R2 e C3Po danno veramente spettacolo con una serie di gag spassosissime nelle quali C3Po, fatto a pezzi viene trasformato in due droidi da combattimento della federazione.
Padme ed Anakin vengono condannati all'Arena, durante il tragitto, la senatrice, sicura dell'imminente morte, rivela il suo amore per il giovane Padawan porgendoli un ultimo (almeno secondo lei) appassionante bacio. Nell'arena i due vengono incatenati insieme ad Obi-Wan, che in tono sarcastico ringrazia il suo discepolo di essere giunto in suo soccorso. Vengono introdotte nell'arena 3 mostruose creature, ma con infinita scaltrezza i tre eroi riescono non solo a liberarsi, ma anche ad vere la meglio suoi mostri. Intervengono allora decine di droidi da combattimento, per porre fine alla vita dei tre protagonisti. Ma in quel momento, il consiglio Jedi imbocca nell'arena per salvare i tre malcapitati. La battaglia è ardua e cruenta, molti Jedi muoiono ma con loro anche il cacciatore Jango Feet, trafitto dalla lama viola del maestro Windu. Ma 20 Jedi, se pur potenti non possono competere contro l'intero esercito della federazione. Proprio quando il Conte Dooku chiede la resa ai Windu, ecco che interviene Yoda con il neonato esercito della repubblica e dar man forte ai Jedi.
L'esercito dei droidi è in rotta e Dooku, salvati i piani dell'arma finale dei Geonosis (la Morte Nera !!!!!!!!!!!!!!!), fugge verso il suo hangar per scappare dal pianeta. Obi-Wan e Anakin lo inseguono e una volta raggiuntolo lo sfidano con risultanti davvero pessimi, il vecchio conte ha acquisito i poteri dei Sith e la sua lama brilla di colore rosso. Kenobi giace ferito a terra, accanto a lui il suo discepolo Anakin al quale è stato mozzato un braccio. Dooku sta per partire, quando sopraggiunge lo stesso Yoda che era stato a suo tempo suo maestro. I due iniziano a combattere in uno scontro tra l'epico e l'impossibile, ma il conte con un astuto quanto bieco stratagemma distrae Yoda e riesce a fuggire, rintanandosi a Coruscant nella reggia del suo nuovo maestro Darth Sidious.
Mentre il Consiglio Jedi si riunisce per decidere come affrontare questo ritorno massiccio del Lato Oscuro nella Galassia, a Naboo, Padme e Anakin, con un braccio nuovo di zecca, coronano il loro sogno d'amore e si sposano con i due droidi R2 e C3 Po (ritornato integro) come testimoni.
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